L'année 1998 a été marquée par la mise en place et l'organisation matérielle de la structure.
L'Agence d'urbanisme Adour-Pyrénées a réalisé des missions pouvant être regroupées en six thèmes principaux : d'intérêt général relatives au développement local, d'assistance technique et d'expertise, d'observation et de connaissance des territoires, relatives à la confortation de l'armature urbaine des Pyrénées Atlantiques, relatives à la préservation et à la valorisation des espaces naturels et spécifiques.