En 2005, le Conseil des élus et le Conseil de développement du Pays Basque décident de remobiliser l'ensemble des acteurs locaux afin de réactualiser le projet de territoire. En partenariat avec l'État, la Région et le Département, une nouvelle démarche est lancée : "Pays Basque 2020". Le nouveau projet est construit autour de trois ambitions fortes : promouvoir un développement durable du Pays Basque,

concrétiser la réciprocité territoriale et développer une coopération transfrontalière ambitieuse. La réflexion, engagée de façon participative, met la priorité sur 4 enjeux majeurs : le développement de l'économie et des compétences, le renforcement du potentiel d'enseignement supérieur et de recherche, l'avenir des infrastructures de transport et la gestion de la mobilité et la cohérence des politiques sanitaires et sociales.